对当时许多人羡慕的仕途，费教授视若敝履。一名昔日好友去南京做官，他听说后在日记中写道：“此君本性士，奈何竟作贼”。当有人劝他加入国民党时，他当面斥责对方“出卖灵魂”。而在政治态度上，他坚持自由民主，对国民党的假民主真独裁，他撰起文来，毫不留情。当国民党贪污腐化成风时，他抱病演讲，大骂不已，“颇觉痛快”。

    据家人透露，费巩最喜欢文天祥的《正气歌》。“作为一个人，费巩追求的是做人的尊严。他向往精神上的自由，耻于倚门卖笑。”

    他的正直以及固执，最终给他惹来了麻烦。1945年3月，重庆大雾，40岁的费巩，在出外讲学途中突然“失踪”。国民党当局拒绝承认他被“秘密逮捕”。众学者虽经多方寻找、营救，终不见下落。从此，费巩其人，以及他苦心秉持的教育理念，一并在国人视野中，销声匿迹。